W Polsce kompetencje w zakresie bezpieczeństwa żywności rozdzielone są między  kilka instytucji, co zdaniem NIK nie sprzyja ich sprawnemu działaniu. Problemem są także braki kadrowe, spowodowane zbyt niskim płacami.

NIK kontrolą objęła Główny Inspektorat Sanitarny, Główny Inspektorat Weterynarii, Główny Inspektorat Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych, Urząd Ochrony Konkurencji i Konsumentów, 4 Wojewódzkie Stacje Sanitarno-Epidemiologiczne, 4 Wojewódzkie Inspektoraty Weterynarii, 4 Wojewódzkie Inspektoraty Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych, 4 Wojewódzkie Inspektoraty Inspekcji Handlowej. Okres objęty kontrolą to lata 2017-2018. W kontroli wykorzystano także dowody sporządzane przed lub po tym czasie.
Ograniczona skuteczność wycofania z rynku niebezpiecznych środków spożywczych szybko zbywalnych, szczególnie z krótką datą przydatności do spożycia

W przypadku potwierdzenia, że dany produkt spożywczy jest niebezpieczny, organy Inspekcji fizycznie nie wycofują go z rynku. Dysponują jednak narzędziami administracyjnymi - mogą stosować m.in. ograniczenie lub zakaz wprowadzania żywności do obrotu czy nakazać przedsiębiorcy wycofanie żywności z obrotu. Tymczasem skuteczność tych narzędzi jest istotnie ograniczona w przypadku towarów z krótką datą przydatności do spożycia. Trafiają one do konsumentów i mogą zostać spożyte jeszcze przed zakończeniem działań odpowiednich służb. Kontrola NIK ustaliła np., że jeszcze przed zakończeniem analiz laboratoryjnych w dwóch przypadkach do konsumentów trafiła żywność z bakterią Listeria monocytogenes, pomimo pobrania próbek żywności już na etapie produkcji.  Bakteria ta może okazać się bardzo groźna dla słabszych organizmów, a przede wszystkim dla dzieci i kobiet w ciąży.

Głównymi przyczynami wydłużenia czasu badań były duża liczba próbek, konieczność kumulacji próbek w serie, ograniczenia sprzętowe i awaryjność sprzętu oraz konieczność wielokrotnego powtarzania analiz. Gdyby nie te przeszkody czas trwania badań mógłby ulec znacznemu skróceniu. Np.  czas badania poziomu dwutlenku siarki w morelach suszonych wynosił 16 dni, a kurkumy mielonej w kierunku aflatoksyn 36 dni, a mógłby wynosić dla obu przypadków tylko 5 dni.

W sześciu  na 10 przypadków analizowanych przez NIK zgłoszeń realizowanych przez Inspekcję Sanitarną szczebla wojewódzkiego, cała zakwestionowana ilość żywności została sprzedana. Natomiast na 12 zgłoszeń w ramach działań Inspekcji Weterynaryjnej w czterech przypadkach wycofano całość zakwestionowanych produktów . W kolejnych czterech niemalże całość produkcji została sprzedana . Natomiast w pozostałych czterech przypadkach Inspekcja nie miała informacji o sprzedaży lub wycofaniu produktów.
Brak mechanizmów do ujawniania nielegalnej działalności podmiotów produkujących żywność pochodzenia zwierzęcego

Instytucje nie wypracowały skutecznych rozwiązań zapobiegających  prowadzeniu przez przedsiębiorców produkujących żywność pochodzenia zwierzęcego nielegalnej działalności, bez nadzoru urzędowego lekarza weterynarii.

Wszystkie podmioty zajmujące się produkcją żywności pochodzenia zwierzęcego mają obowiązek rejestracji we właściwym terytorialnie inspektoracie weterynarii. W okresie od grudnia 2016 r. do stycznia 2019 r. Inspekcja Weterynaryjna ujawniła 290 przypadków działalności nielegalnej. W związku z tym nałożono 178 kar pieniężnych na łączną kwotę 297.352 zł, a 66 spraw przekazano do organów ścigania. Przypadki te były identyfikowane głównie w wyniku informacji pozyskanych ze źródeł zewnętrznych, tj. od konsumentów lub innych uczestników obrotu gospodarczego.
Rozproszone kompetencje z zakresie bezpieczeństwa żywności

W Polsce kompetencje w zakresie bezpieczeństwa żywności rozdzielone zostały między  kilka instytucji bez określenia instytucji wiodącej. Ponadto instytucje te podległe są trzem organom naczelnym. Tak ukształtowany model nadzoru nad bezpieczeństwem żywności wyróżnia się w skali europejskiej. Wśród krajów UE dominującym rozwiązaniem w zakresie bezpieczeństwa żywności jest powołanie na poziomie krajowym jednego organu właściwego ds. bezpieczeństwa żywności lub kilku instytucji, spośród których jedna ma pozycję dominującą. Tak zorganizowany system został wdrożony w 23 z 28 krajów członkowskich (82,1%) . Takich zmian instytucjonalnych nie przeprowadzono natomiast w 5 krajach, w tym w Polsce.

Państwa członkowskie UE, zgodnie z prawem unijnym, zobowiązane zostały do wyznaczenia organów właściwych do urzędowych kontroli żywności na poziomie krajowym. Organami tymi w Polsce są cztery inspekcje objęte kontrolą (GIS, GIW, GIJHARS, IH) oraz organy Państwowej Inspekcji Ochrony Roślin i Nasiennictwa.
Problemy kadrowe obniżają skuteczność działania Inspekcji

W ocenie Najwyższej Izby Kontroli wpływ na jakość wykonywanych zadań miał odnotowany w okresie kilku ostatnich lat we wszystkich Inspekcjach spadek zatrudnienia lub znaczna fluktuacja kadr. Także w laboratoriach badających próbki żywności występowały braki kadrowe i sprzętowe, co przekładało się na czas wykonywania badań laboratoryjnych próbek żywności. Najbardziej dotkliwe skutki niedoborów kadrowych stwierdzono w Inspekcji Weterynaryjnej. Zmniejszenie zatrudnienia lekarzy o 6,5% miało negatywny wpływ na pracę ponad 60% powiatowych zespołów ds. bezpieczeństwa żywności, uniemożliwiając ich prawidłowe funkcjonowanie. Zdaniem NIK przyczyn takich sytuacji należy upatrywać w szczególności w niedostatecznym wynagradzaniu pracowników kontrolowanych Inspekcji. Dostrzegając podjęte już działania w kierunku zwiększania wynagrodzeń w strefie budżetowej, w ocenie NIK, mogą one być nadal niewystarczające, a w konsekwencji prawidłowa realizacja zadań przez organy urzędowej kontroli - zagrożona.
Wnioski

NIK po kontroli sformułowała wnioski pokontrolne do:

    Prezesa Rady Ministrów - o zwiększenie finansowania Inspekcji w celu poprawy sytuacji kadrowej oraz odpowiedniego wyposażenia organów urzędowej kontroli żywności i podniesienia skuteczności ich działania.
    Głównego Inspektora Sanitarnego - o zorganizowanie systemu kontroli i poboru próbek w sposób umożliwiający efektywne korzystanie przez uprawione organy z narzędzi zapobiegających wprowadzeniu do obrotu żywności niebezpiecznej.
    Głównego Lekarza Weterynarii - o stworzenie  rozwiązań mających na celu wykrywanie i zapobieganie przypadkom prowadzenia nielegalnej działalności w zakresie produkcji żywności pochodzenia zwierzęcego.

W ocenie Najwyższej Izby Kontroli realizacji powyższych wniosków systemowych sprzyjałoby powierzenie kompleksowego nadzoru nad żywnością jednolitej, wyspecjalizowanej służbie bezpieczeństwa żywności.