Kontrola NIK wykazała nieliczne nieprawidłowości w działalności spółek:

W dwóch rynkach hurtowych wynagrodzenia członków organu zarządzającego lub organu nadzorczego przekraczały łącznie o 43,6 tys. zł poziom przyjęty w uregulowaniach tych spółek. W jednym przypadku, były Prezes Spółki „Zielonogórski Rynek Rolno-Towarowy” S.A. od stycznia do czerwca 2017 r. (przez 6 miesięcy) otrzymywał wynagrodzenie o prawie 40 tys. zł przekraczające limit określony w wewnętrznych zasadach Spółki. Przewodniczący Rady Nadzorczej próbował obniżyć wynagrodzenie byłego Prezesa do dopuszczalnego limitu, jednak bezskutecznie. Okazało się, że taki poziom wynagrodzenia Prezesa określała umowa o współpracy z nim, mimo iż było to niezgodne z wewnętrznymi zasadami Spółki.  Drugi przypadek dotyczył „Rolno-Spożywczego Rynku Hurtowego” S.A. z siedzibą w Radomiu, gdzie od 1 stycznia 2017 r. do 31 października 2018 r. wypłacono łącznie czterem członkom Rady Nadzorczej prawie 4 tys. zł więcej niż stanowi uchwała Nadzwyczajnego Walnego Zgromadzenia Spółki. W listopadzie 2018 r. Spółka skorygowała nieprawidłowe wypłaty wynagrodzeń.

W jednym przypadku jednoosobowa spółka córka objęła akcje spółki matki (Wielkopolska Gildia Rolno-Ogrodnicza S.A. z siedzibą w Poznaniu) o wartości 306 tys. zł i była w ich posiadaniu przez ponad 10 lat. Było to niezgodne z Kodeksem spółek handlowych (Ksh) i stanowiło niewłaściwe wykonywanie przez spółkę władztwa korporacyjnego nad spółką zależną (z definicji spółka matka ma swoje udziały w spółce córce, a nie odwrotnie). Zarząd Wielkopolskiej Gildii Rolno-Ogrodniczej nie podjął działań określonych w Ksh zmierzających do zbycia akcji własnych, nie umorzył ich, ani nie obniżył kapitału zakładowego. Spółka zależna wykonywała prawo głosu na WZA spółki dominującej.

Spółka Dolnośląskie Centrum Hurtu Rolno-Spożywczego z siedzibą we Wrocławiu podjęła działalność handlową, na której - wskutek swojej niegospodarności - poniosła straty sięgające 628 tys. zł. Od kwietnia do czerwca 2017 r. Spółka sprzedawała towary nierzetelnym kontrahentom, którzy nie zapłacili pełnej kwoty należności. Konsekwencją było wstrzymanie działalności handlowej Spółki w czerwcu 2017 r. Ponadto - jako że istniały wątpliwości co do rzetelności transakcji handlowych - Spółka złożyła zawiadomienia: do Centralnego Biura Antykorupcyjnego o podejrzeniu popełnienia przestępstwa przez byłego Prezesa Zarządu Spółki oraz do Prokuratury Rejonowej o podejrzeniu popełnienia przestępstwa przez dwóch pracowników działu handlowego.

Kontrola NIK wykazała ponadto dużą rotacyjność składów organów nadzorczych 18 spółek, w których Skarb Państwa miał swoich przedstawicieli. W latach 2017-2018 odwołano 81, a powołano 79 reprezentantów Skarbu Państwa. Liczba reprezentantów Skarbu Państwa w radach nadzorczych spółek wyniosła 62 osoby na koniec 2017 r., a według stanu na 31 października 2018 r. - 61 osób. Izba podkreśla, że częste zmiany w organach nadzorczych spółek z udziałem Skarbu Państwa nie sprzyjają wzmocnieniu nadzoru właścicielskiego nad tymi Spółkami.

W okresie objętym kontrolą Minister RiRW podejmował różne działania mające poprawić sytuację nadzorowanych spółek, w tym realizował projekty, takie jak np.: Odtwarzanie i wsparcie lokalnych rynków rolnych, Platforma Żywnościowa SELLFOOD (elektroniczna platforma do sprzedaży produktów rolno-spożywczych). Ponadto w trakcie prac legislacyjnych nad ustawą o ograniczeniu handlu w niedziele i święta  Minister wnioskował o wyłączenie rolno-spożywczych rynków hurtowych z zakazu handlu w niedzielę.

Do czasu zakończenia kontroli NIK Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi nie określił koncepcji funkcjonowania i rozwoju nadzorowanych spółek. Szef resortu już w grudniu 2015 r. przyjął w Programie Działań Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi na lata 2015-2019  zadanie utworzenia Narodowego Holdingu Spożywczego przy udziale istniejących już spółek z branży rolno-spożywczej. Według wstępnych ustaleń w skład Holdingu miały wejść m.in.: Krajowa Spółka Cukrowa, Elewarr Sp. z o.o., rynki hurtowe oraz spółki nadzorowane przez KOWR.

Z założenia powołanie nowego podmiotu miało przede wszystkim stworzyć warunki stabilizacji rynku rolnego w Polsce, m.in. poprzez podniesienie poziomu cen płaconych rolnikom za sprzedane płody rolne, promocję polskiej żywności i wspieranie jej eksportu. Jednak koncepcja utworzenia Narodowego Holdingu Spożywczego nie została wprowadzona w życie. Dopiero pod koniec 2018 r., w trakcie kontroli NIK, Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi podjął działania w celu utworzenia Holdingu, m.in. powołując zespół do spraw opracowania koncepcji utworzenia Krajowej Grupy Spożywczej, a wdrożenie tej koncepcji polecił Krajowemu Ośrodkowi Wsparcia Rolnictwa. Poza tym Minister nie wykonał planowanych prac nad projektem ustawy o rynkach hurtowych, ani nie podjął innych działań na rzecz określenia koncepcji funkcjonowania lub strategii rozwoju nadzorowanych spółek, w szczególności rynków hurtowych.

W związku z wynikami kontroli NIK wskazuje na potrzebę opracowania i wdrożenia koncepcji funkcjonowania spółek z branży rolno-spożywczej dla stabilizacji rynku rolnego w Polsce, a także na rzecz osiągnięcia trwałego i zrównoważonego wzrostu wartości tych spółek, jako majątku narodowego.